按工藝要求維持潔凈棚與周圍空間的微小差壓，可正壓或負壓。微差壓可通過送風口，回風口或余壓閥來控制。壓差控制在凈化空調(diào)系統(tǒng)中是一個很重要的環(huán)節(jié)。只有通過對凈化區(qū)域的壓差進行控制，保證合理的氣流組織，才能完成凈化和工藝的要求。
　　例如潔凈棚要保持正壓使外界未經(jīng)凈化的空氣不會進人凈化區(qū)域，了解潔凈級別；并且通過對各凈化區(qū)域的不同的壓差控制，實現(xiàn)凈化分區(qū)的作用，在GMP中就要求不同凈化級別區(qū)域的壓差應控制不小于+5Pa。在生物安全潔凈室中，壓差控制也是保障安全防護屏障的一種方法，要求使實驗室的負壓梯度有一個穩(wěn)定可靠的控制。因此對于凈化空調(diào)系統(tǒng)來說，壓差控制是很重要的。
　　潔凈棚內(nèi)壓力保持高于外部壓力，則為正壓潔凈室：反之稱為負壓潔凈室。正壓與負壓是相對而言的，一個潔凈室對大氣而言是正壓潔凈室，但對另外一個房間而言可能是負壓潔凈室。規(guī)定不同等級的潔凈室以及潔凈區(qū)與非潔凈區(qū)之間的壓差不小于5Pa，潔凈區(qū)與室外的壓差不小于 10Pa。棚內(nèi)走廊與非潔凈區(qū)至少維持30Pa正壓壓差。這種壓差建立的基本原理是送風量大于回風量、排風量、滲漏風量來實現(xiàn)的。